Fedora28→29で
libicu60→libicu62 と更新されたので
Gem(charlock_holmes)の再ビルドが必要だったのが原因。
他のディストリビューションでも似たようなことはままある。
gem の再ビルド
https://manimani.cc/blog/2018/20180206174410_bundler_reinstall
ググるとこれが出てくるけど…うーん
Rails: bundler の gem をすべて削除して、インストールしなおす一番簡単な方法
https://qiita.com/Yinaura/items/1a96fc77c81a2d6a4d95
要するにこれをやればOKだった。